ท่านเป็นหลานแท้ๆ ของหลวงปู่ฝั้น อาจาโร แห่งวัดป่าอุดมสมพร ต.พรรณา อ.พรรณานิคม จ.สกลนคร เมื่ออายุ 12 ปีได้เข้าพิธีบรรพชา ณ วัดแจ้ง บ้านหนองโดก ต.ช้างมิ่ง อ.พรรณานิคม จ.สกลนคร ซึ่งเป็นวัดบ้านเกิดของท่านเอง หลวงปู่บุญหนา ท่านได้ปฏิบัติอุปัฏฐากรับใช้ครูบาอาจารย์นานถึง 12 ปี ตั้งแต่ครั้งสมัยเป็นสามเณร เช่น หลวงปู่ฝั้น อาจาโร ซึ่งเป็นหลวงอาได้นำท่านมาอยู่ด้วย และโดยเฉพาะกับพระอาจารย์อ่อน ญาณสิริ ศิษย์สายธรรมหลวงปู่มั่น ภูริทตฺโต ในช่วงที่เป็นสามเณรอยู่กับพระอาจารย์อ่อนเคยไปกราบนมัสการหลวงปู่มั่น ณ วัดป่าบ้านหนองผือ (วัดป่าภูริทัตตถิราวาส) บ้านหนองผือ ต.นาใน อ.พรรณานิคม จ.สกลนคร เป็นประจำ โดยมีพระอาจารย์อ่อนนำพาไป สาเหตุที่ได้ปฏิบัติอุปัฏฐากรับใช้พระอาจารย์อ่อน ด้วยพระอาจารย์อ่อนเดินธุดงค์มาพำนักหาความสงบวิเวกอยู่ที่บริเวณป่าช้าบ้าน หนองโดก (ปัจจุบันคือวัดป่าโสตถิผล หรือวัดป่าบ้านหนองโดก) ตอนนั้นได้บรรพชาเป็นสามเณร แต่เป็นฝ่ายมหานิกาย พักอยู่วัดแจ้ง บ้านหนองโดก เป็นวัดบ้านของท่านเอง และไม่ไกลจากป่าช้าที่พระอาจารย์อ่อนไปพักอยู่นั้นมากนัก
หลวงปู่บุญหนาท่านบอกว่า ตอนที่ไปกราบนมัสการพระอาจารย์มั่น ณ วัดป่าบ้านหนองผือ (วัดป่าภูริทัตตถิราวาส) ครั้งแรกไปกับพระอาจารย์อ่อน พร้อมกับสามเณรอีกรูปหนึ่งและญาติโยม 4-5 คน เดินมุ่งหน้าสู่เทือกเขาภูพานที่อยู่ทางทิศใต้ของหมู่บ้านหนองโดก ก่อนเดินทางถึงวัดป่าบ้านหนองผือ เวลาประมาณบ่าย 3 โมง พอเข้าไปภายในบริเวณวัด รู้สึกว่าภายในวัดร่มรื่นสงบเงียบ เหมือนกับไม่มีพระเณรทำให้ตื่นตาตื่นใจเป็นครั้งแรก เห็นพระเณรกำลังทำกิจวัตรกวาดลานวัดด้วยไม้ตาด ส่วนพระอาจารย์อ่อน พร้อมคณะ เข้าไปกราบนมัสการพระอาจารย์มั่นบนกุฏิ เสร็จแล้วก็กลับที่พัก ปัดกวาดลานวัด ตักน้ำใช้น้ำฉันจากบ่อน้ำ เสร็จจากนั้นก็เตรียมรอสรงน้ำพระอาจารย์มั่นบริเวณหน้ากุฏิ ซึ่งมีพระเตรียมน้ำสรงไว้โดยใช้น้ำร้อนผสมพอให้อุ่น เมื่อพระอาจารย์มั่นเข้ามานั่งบนตั่งแล้ว คราวนี้พระเณรทั้งหลายห้อมล้อม เพื่อเข้าไปถูหลังขัดไคลถวายอย่างเปี่ยมล้นด้วยศรัทธา ส่วนสามเณรบุญหนา มีโอกาสเข้าไปร่วมสรงน้ำท่านพระอาจารย์มั่นในครั้งนี้ด้วย
